Unter dem Kommando von Captain Christopher Pike sieht sich die bewährte Besatzung der U.S.S. Enterprise mit den Auswirkungen der verheerenden Gorn-Invasion aus Staffel 2 konfrontiert. Darüber hinaus erlebt die Crew unzählige Abenteuer voller Spannung und Überraschungen, während sie dunkle Geheimnisse aufdeckt, sich gewaltigen Bedrohungen stellt und sich in unvorhergesehenen Situationen wiederfindet.