Im Jahr 2017 marschiert das Heilige Britannische Reich wie einst in Japan in das Gebiet der Europäischen Republik (E.U.) ein, einer Allianz europäischer Nationen. Um die Niederlage abzuwenden, bildet die E.U.-Armee eine Sondereinheit: „Wyvern-Zero“. Diese Einheit von sogenannten Knightmare Frames, humanoiden Kampfmaschinen, besteht aus japanischen Jugendlichen aus Area 11, die meist ohne Rechte und Zukunftsperspektive in Ghettos leben. Zu den Mitgliedern dieser Einheit gehören auch Akito Hyûga und Kommandantin Leila Malkal, eine gebürtige Britannin adliger Abstammung, die den Wyvern-Knightmare-Trupp leitet. Sie müssen sich auf einen ausweglosen Kampf gegen das Heilige Britannische Reich vorbereiten, bei dem die Überlebensrate bei weniger als 5 Prozent liegt …