Ende des 19. Jahrhunderts sieht es für die Menschheit düster aus: Der Millenium-Graf versucht mit Hilfe von Akuma, Maschinen, die er aus den Seelen von Verstorbenen erschaffen hat, alles Leben auf der Welt auszulöschen. Lediglich die Mitglieder des Schwarzen Ordens besitzen eine Kraft namens „Innocence“ – die einzig wirksame Waffe gegen die dämonischen Akuma. Als der junge Allen Walker frisch nach seiner Exorzisten-Ausbildung auf dem Weg zum Hauptquartier des Ordens ist, ahnt er noch nichts von der zentralen Rolle, die ihm im Kampf gegen den Grafen zukommen wird...