Bei der Proteinfaltung ist ein nativer Kontakt ein Kontakt zwischen den Seitenketten zweier Aminosäuren, die in der Aminosäuresequenz nicht benachbart sind (d. h., sie sind in der Primärsequenz mehr als drei Reste voneinander entfernt), aber in der Tertiärstruktur des Proteins im nativen Zustand räumlich nahe beieinander liegen. Der Anteil der in einer bestimmten Struktur reproduzierten nativen Kontakte wird häufig als Reaktionskoordinate verwendet, um die Abweichung vom nativen Zustand von Strukturen zu messen, die bei Molekulardynamiksimulationen oder in Benchmarks von Proteinstrukturvorhersagemethoden erzeugt werden.