Einst war er ein geschätzter Schlüsselagent der kanadischen Spezialeinheiten.... Jetzt hat der Mann, der nur als Logan bekannt ist, eine schwere Zeit hinter sich. Alkoholismus, die Erinnerung an eine katastrophale Mission in Nordkorea und ein dunkles Geheimnis, das nur er selbst kennt, haben ihren Tribut von Logans gequälter Seele gefordert. Als gewalttätiger Herumtreiber und Kleinkrimineller auf der Flucht vor einer Mordanklage wird er plötzlich geschnappt und in einen Forschungskomplex in den kanadischen Rocky Mountains verschleppt... um ein ganz besonderes Versuchskaninchen in einem supergeheimen biotechnologischen Experiment zu werden.
Unter der Leitung des brillanten, skrupellosen und rätselhaften Professors beginnt Logan einen qualvollen Transformationsprozess, um seine Mutantenkräfte zu nutzen und ihn zur „Waffe X“ zu formen - einer unaufhaltsamen, unzerstörbaren Tötungsmaschine, einem Chaosbringer mit einziehbaren Klauen aus härterem Stahl als Diamanten und der Fähigkeit, sich von jeder Wunde zu erholen. Doch während Logans Geist und Körper mit quälenden Prozeduren gequält werden, um die totale Kontrolle über ihn zu erlangen, verkennen der Professor und sein begabtes Team Logans unzerbrechlichen Willen, sein geheimes Erbe und sein größeres Schicksal - mit katastrophalen Folgen.