Anhanguera war ein Flugsaurier mit einer Flügelspannweite von bis zu 4 Metern. Seine Rumpflänge betrug hingegen nur etwas mehr als 20 Zentimeter. Sein auffälligstes Merkmal war der langgestreckte Schädel, dessen krokodilähnliches Maul mit langen Zähnen besetzt war. Der Name Anhanguera bedeutet in der Sprache der Indios "alter Teufel". Anhanguera lief nicht nur auf seinen beiden Hinterfüßen sondern "quadroped". Das heißt, er benutzte zum Laufen auch die zu Flügeln entwickelten Vordergliedmaßen, ähnlichwie Fledermäuse.